噍吧哖事件中有幾位重要的人物，其中，主導者余清芳，他為了抗日而出家，建立西來庵，以宗教為掩護，聚集信徒，建立群眾。他用建廟為名，向民眾募款，用這些錢秘密購買武器。
然而收購武器的過程太長，機密逐漸洩漏，日本警方也開始派密探在監視余清芳。而他和江定、羅俊等人密謀，建立「大明慈悲國」的計劃，也因派去大陸購買武器的人被逮捕，不慎洩露了機密。1915年6月29日，羅俊被逮捕。7 月9日，余清芳發動起事。
余清芳帶著反抗軍轉戰台南、高雄一帶，攻打派出所，殺警察和官府的人。
然而，余清芳的武力太過落伍薄弱，只有兩門舊的大炮和幾把槍，其它都是鐮刀、鋤頭、斧頭等農民生活工具，要如何與新式武器的日軍對抗？因此一開始雖然氣勢強盛，但到了8月6日左右，日本動員台南守備隊的步兵、炮兵、憲兵傾巢而出，兩邊在噍吧哖決戰，整個戰場勝負立分。余清芳的部眾死了幾百人，而日軍更用重炮把村民生活的街道，一般的建築，打得斷垣殘壁，一片狼籍。
但余清芳沒有退卻，而是藉著山區的地形隱密，和農民的主動掩護，繼續轉戰各地。日方一邊派出大軍搜山，一邊用重賞勸降。8月22日，余清芳在一個隱藏他們的農民設宴款待的過程中，義氣共飲，不料酒酣耳熱之際，那農民突施襲擊，把他綑綁起來，交給了日軍。一代英豪，竟命喪自己人的出賣。
日本人在噍吧哖事件中死傷慘重，範圍又大，因此報復手段特別殘忍。當地許多村莊的青年男子，被集中起來，日方以一根約莫一百二十公分高的竹竿，讓男子去比對，凡是超過的，就一律砍頭，或者槍殺。
2014年，台南新化在建設工程的過程中，發現一處無名荒塚，裡面竟有白骨三千多具。因為那白骨不是古蹟，歷史不遠，台灣各界為之震動。後來經過考證，才明白那應是1915年噍吧哖事件時，被殺害的萬人塚的所在。但這只是其中的一部份而已。
噍吧哖事件一案由台南的臨時法庭審判，共有1957人被依「匪徒刑罰令」告發，其中被起訴者1413人，被判死刑者866人、有期徒刑453名。由於此案判決過於苛刻，引起日本國會議員的非議，因此在處決95名之後，其餘死刑犯改判無期徒刑。八月二十二日，余清芳被捕，並且在九月二十三日被處以死刑。這當然不包括被屠殺於萬人荒塚的數千平民百姓。
噍吧哖事件是台灣最後一次武裝起義。它的死亡如此慘烈，平民之死如此暴戾，因此台灣的反抗之路開始走上文化啟蒙之路。
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音樂使用
Snowflakes by Agnese Valmaggia
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