在飛機的震懾與現代武器的全面動員下，日軍的反攻從10月31日開始，以各個部落為目標，發動總攻擊。由於部落人數本就不多，能戰鬥的青壯年最多幾十人，再加上武器懸殊，雖然激烈抵抗，很快被日軍佔領。抗日的主力退到馬赫坡社，其它人則散在深山溪谷中打游擊戰。但11月2 日，馬赫坡也被佔領。所有戰士全數退到馬赫坡和塔洛灣兩溪的溪谷中，利用山谷的懸崖絕壁，作頑強抵抗。
日軍不熟悉地形，而山中古木參天，老蕨莽林縱橫，溪谷絕壁變化難測，日軍不敢發動全面進攻。直到11月5 日，在馬赫坡社東南方爆發激戰。日軍14人戰死，20餘人負傷。賽德克族人也傷亡不少，莫那．魯道的次子巴索．魯道受傷嚴重，痛苦不堪，最後請族人將他送上「彩虹橋」。（依賽德克族傳說，男人死後要走過彩虹橋，回到祖靈的家鄉）。
經此一役，莫那魯道帶領族人退到馬赫坡，依據天險作最後的保衛戰。然而日軍改採圍攻，從外圍切斷支援道路，再以山炮發射大炮，以飛機投射「糜爛性毒氣彈」，人的身體只要觸及，皮膚即開始發癢潰爛，痛苦不堪。飛機更投擲白磷燃燒彈，讓森林枝葉枯萎，起義族人無法在密林中躲藏生存。這是違反國際公約的「科學的攻擊法」，但日軍在「蕃人即禽獸論」的主張下，全無顧忌加以使用。
族人被毒氣所害，皮膚潰爛，痛苦不堪，整個山林被毒氣污染，動物死亡，植物有毒，無食物可尋，加上原來儲存的糧食太少，族人陷入極度困境。
更可恨的是日軍採用「以夷制夷」的策略，鼓動周邊原本因為爭奪獵場、互有糾紛而與起義各社存有嫌隙的部落，如道澤、太魯閣、萬大、馬力巴、白狗等族群，組成「味方蕃」襲擊隊，協助日人軍警部隊作戰。日軍不僅提供槍枝彈藥，更以高額的獎金為誘餌，賞金之高，也足以讓人咋舌：一個頭目首級200元，男子首級100元；一個婦人首級30元；小孩20元。
從11 月初到11月中旬，在日軍的全面性包圍下，莫那．魯道的戰士逐步潰敗。婦女為了不拖累戰士，採取傳統的方式，在古老的巨樹下自縊而死。殘病的戰士則在戰鬥中陸續被擊殺。可是到11月下旬，仍有數十人在最後的森林裡堅決抵抗。
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音樂使用
Snowflakes by Agnese Valmaggia
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※想要了解更多的故事，請看楊渡著《有溫度的台灣史》